Met »Mai-Otome Zwei« gaat »Mai-Otome« de tweede ronde in! Inmiddels is er een jaar verstreken en leven de verschillende naties in vrede. Ze zijn van plan om een zogenaamde S.O.L.T. (Strategic Otome Limitation Talks) te houden om een mogelijke beperking van otomen te bespreken. Een succesvolle missie rond een gevaarlijke meteoriet zet uiteindelijk een reeks gebeurtenissen in gang. Een mysterieuze figuur verschijnt en valt enkele otomen aan. Daarnaast verschijnen er ook zeer krachtige slaven. Maar het wordt nog erger: koningin Mashiro is verdwenen. Arika gaat op zoek naar haar, terwijl Garderobe op zoek gaat naar mogelijke oorzaken voor de vele mysterieuze gebeurtenissen...