Na de gebeurtenissen in Transformers: The Movie zijn de Decepticons gevlucht en zegevieren de Autobots onder het bevel van een nieuwe leider, Rodimus Prime. Midden in de festiviteiten worden de Autobots aangevallen, waardoor de Decepticons de voor de hand liggende verdachten zijn. Ondertussen proberen de mysterieuze Quintessons een duister geheim te verbergen dat zo oud is als Cybertron zelf.